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MicroScope: une plateforme intégrée pour l’annotation et l’exploration fonctionnelle des gènes microbiens


La plateforme MicroScope, développée depuis 2002 par le laboratoire LABGeM (Genoscope), offre à une communauté internationale de microbiologistes des outils bioinformatiques pour l’analyse et l'exploration de génomes procaryotes. Un article présentant les innovations de la plateforme a été publié dans le numéro spécial « bases de données » de la revue Nucleic Acids Research. Il présente les nouvelles fonctionnalités récemment développées pour l'annotation fonctionnelle des gènes, la caractérisation d’îlots génomiques et l'analyse de pangénomes.

Publié le 19 mai 2020

Le séquençage du génome à grande échelle et l’utilisation de plus en plus massive des techniques à haut débit produisent une quantité importante d’informations transformant l’acquisition des connaissances de milliers d’espèces microbiennes.

Cependant, malgré le développement de puissantes approches bioinformatiques, l'interprétation complète du contenu de ces génomes reste une tâche difficile. Lancée en 2002, la plateforme MicroScope est en développement continu depuis sa création et fournit des analyses pour les projets sur les génomes procaryotes ainsi que la reconstruction du réseau métabolique et les expériences post-génomiques permettant aux utilisateurs d'améliorer la compréhension des fonctions des gènes.

Le laboratoire LABGeM (Laboratoire d’Analyses Bio-Informatiques pour la Génomique et le Métabolisme) du Genoscope, présente dans le dernier numéro spécial « bases de données » de la revue NAR les évolutions les plus récentes de cette plateforme.

D’une part ont été décrites les améliorations de l'interface utilisateur du MicroScope pour la sélection du génome, la navigation et l'annotation experte des gènes. D’autre part, les procédures d'annotation fonctionnelle automatique de la plateforme ont également été mises à jour et plusieurs nouveaux outils ont été ajoutés pour l'annotation fonctionnelle des gènes et des régions génomiques. La plateforme possède également des outils permettant d’effectuer des analyses comparatives sur des centaines de génomes sur la base de graphiques de pangénomes1.

À ce jour, MicroScope contient des données sur plus de 12300 génomes microbiens, dont une partie est conservée manuellement par des microbiologistes (plus de 4 700 comptes personnels en janvier 2020). La plateforme permet un travail collaboratif dans un contexte génomique riche et améliore les efforts de conservation de curation des données par la communauté scientifique.


1 : Le pangénome décrit la gamme complète de gènes dans une espèce. Il s'agit d'un sur-ensemble de tous les gènes de toutes les souches d'une espèce. L'importance du pangénome se pose dans un contexte évolutif, en particulier en rapport avec la métagénomique, mais est également utilisé dans un contexte plus large de la génomique.


LABGeM : Laboratory of Bioinformatics Analyses for Genomics and Metabolism

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