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Colza : portait génomique d'une espèce "récente"


Un consortium international piloté par l’Inra et le CEA (IG-Genoscope) vient de publier la séquence de référence du génome du colza. Un outil de choix pour l’amélioration variétale.

Publié le 22 août 2014

Même les citadins reconnaissent les champs de colza (Brassica napus L.), grâce à ses fleurs jaunes. Plante oléagineuse cultivée dans le monde entier, cette brassicacée1 provient du croisement du chou et de la navette, survenu il y a environ 7500 ans et probablement favorisé par l'Homme. Dans le cadre du projet Seq-Poly-Nap, financé principalement par l'Agence nationale de la recherche (ANR), des chercheurs de l'Inra, du CEA- IG (Genoscope), du CNRS, de l'Université d'Evry, en collaboration avec leurs collègues étrangers, ont produit la séquence de référence de son génome, ainsi que celle de plusieurs variétés de l'espèce (qui comprend aussi le rutabaga).

Le Genoscope a mis en place une stratégie originale et créé des outils bioinformatiques ad hoc pour répartir les séquences lues sur les 19 chromosomes de la plante (9 provenant du chou et 10 de la navette). Première constatation : le double génome du colza, qui résulte en fait de l'accumulation de 72 génomes ancestraux, comporte plus de 101 000 gènes ! La très grande majorité d'entre eux sont dupliqués, existant en deux copies de séquences proches ou quasi-identiques. Dans la quasi-totalité des cas, ces deux copies s'expriment, participant conjointement à la fonction du gène. Les chercheurs y voient un important réservoir de diversification, d'adaptation et d'amélioration. La fonction principale étant régie par une copie, la deuxième peut en effet se restructurer et muter, faisant émerger de nouvelles fonctions.

Cultivé à grande échelle depuis peu, le colza possède encore un fort potentiel d'amélioration génétique. Cette séquence de référence facilitera l'identification de gènes d'intérêt agronomique en vue d'améliorer la teneur et la composition en huile, la résistance à des pathogènes, la tolérance au froid, le rendement ou l'efficacité d'utilisation des nitrates dans le sol.


  1. Anciennement appelées crucifères, les brassicacées comprennent choux, navets, moutarde, cresson, radis, etc.

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